Ikari Shinji

Es el personaje principal de la historia. Operador Designado de Evangelion Unidad Uno. Su madre murió cuando él era muy pequeño. El y su padre Gendou han vivido alejados al menos por una década. Un mensaje repentino de Gendou lleva a Shinji a Tokyo-3, y en ese mismo día, un "Angel" ataca la ciudad. Como el Operador Escogido de Evangelion, lucha, aunque completamente agonizante. Es denominado como el "Third Children" (que significa"el tercer calificado"). En personalidad, es tranquilo.
Edad: 14 años.

Katsuragi Misato

Jefa de Operaciones de "NERV". Superior inmediata de Shinji, el Piloto de Evangelion. Durante el transcurso de los hechos, se convierte en la figura guardián/cuidadora de Shinji. Una mujer atractiva con una personalidad alentadora y optimista.
Edad:29 años.

Ayanami Rei

Operadora Designada de Evangelion Unidad Cero. Ha estado soportando un entrenamiento especial desde que se inició el desarrollo de Evangelion. Sufrió serias heridas cuando ocurrió un accidente durante unas pruebas. Denominada como la "FirstChildren" ("la primera calificada"). Una chica de muy pocas palabras. Tiene mucha dificultad para expresar sus emociones y sus sentimientos.
Edad: 14 años

Sohryu Asuka Langley

Piloto Designada de Evangelion Unidad Dos. Como Rei, también ha soportado un entrenamiento especial. Tres cuartos
Alemana ,Un cuarto Japonesa, nacida y criada en los EEUU. Odia perder en cualquier cosa. Edad: 14 años. Denominada como la "SecondChildren" ("la segunda calificada").

Akagi Ritsuko

Jefa del Proyecto de Desarrollo Evangelion. Ha conocido a Misato desde que iban juntas a la universidad. Tiene una belleza caracteristica, intelectual.
Edad: 30 años.

Ikari Gendou

Comandante Supremo de la agencia especial, NERV. Simultáneamente, Director en Jefe del Proyecto de Desarrollo Evangelion.
Padre de Shinji. Un hombre sobre quien existe una gran cantidad de misterio.
Edad: 48 años.