El MS-DOS tiene el origen en el QDOS (Quick and Dirty Operating System)
sistema operativo escrito por Tim Paterson para la Seattle Computer Products
y comercializado bajo la denominación 86-DOS. Se diseñó como un clon a corto
plazo del sistema operativo CP/M, para dar compatibilidad con la base
instalada existente de programas comerciales como WordStar y dBase. Cuando
IBM encargó a Microsoft un sistema operativo para su entonces novedoso IBM
PC, Microsoft se vio incapaz de cumplir los plazos y compró el QDOS a sus
propietarios, saliendo al mercado en dos versiones: PC-DOS (versión de IBM) y
MS-DOS (versión de Microsoft).
El MS-DOS fue el producto clave en la transformación de Microsoft desde sus orígenes en los años 70 como proveedor especializado en lenguajes de programación a su actual estado como gigante en la industria informática. Precisamente los ingresos por las ventas de MS-DOS (particularmente mediante contratos exclusivos con marcas, probados como ilegales en Estados Unidos más tarde) hicieron posible un espectacular crecimiento de la compañía. De hecho, hasta la salida de Windows 95, los ingresos por MS-DOS eran superiores a los de Windows.
Con el tiempo MS-DOS imitó otros sistemas operativos; MS-DOS 2.0 introdujo características de Unix tales como subdirectorios, redirección de entrada/salida de órdenes y tuberías (en inglés pipe).
MS-DOS no es multiusuario o multitarea, pero se hicieron muchos intentos
para agregarle estas capacidades en un futuro. Muchos programas utilizaron la
técnica terminar y permanecer residente o TSR (Terminate and Stay Resident) y
otras funciones normalmente indocumentadas para proporcionar aplicaciones pop
up incluyendo el popular Sidekick de Borland. Entornos añadidos como DesqView
intentaron proporcionar características multitarea, logrando cierto grado de
éxito al combinarse con la administración de memoria del hardware del
procesador Intel 80386.